[Bioinformatics] - 생물학적 서열의 기본적 처리

이전에 계속 언급했듯이 생물학적 시스템과 유전 정보는 DNA에 암호화돼 있습니다.생명정보학 알고리즘과 도구들은 실용적인 목적으로 DNA를 1차원적 뉴클레오티드 서열로 표기합니다.DNA 또는 RNA 분자는 네 개의 뉴클레오티드로 구성돼 있으므로 컴퓨터로 표현할 때 네 개의 독립적인 문자로 표현합니다. DNA의 경우 A,C,G,T 로 표현합니다. 이는 각각 아데닌, 시토닌, 구아닌, 티민이며 RNA의 경우 T 대신 U인 우라실로 표현합니다.DNA의 기본 알파벳에는 네 개의 뉴클레오티드만 포함돼 있지만, IUPAC은 확장된 심볼들을 정리해 뉴클레오티드의 모호성을 허용하는 확장된 심볼들을 정의했습니다. 확장된 심볼들을 통해 중합 효소 연쇄 반응(PCR) 프라이머의 디자인과 같이 불확실한 뉴클레오티드가 있는 경우..

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• · 2024. 11. 25.

[Genomics Data Science] - 중합효소 연쇄 반응(PCR), 차세대 시퀀싱 및 시퀀싱의 응용

중합효소 연쇄 반응 - Polymerase Chain Reaction(PCR) 간단하지만 강력한 기법으로 DNA를 복제하고 실제로 원하는 만큼 DNA 사본을 만들 수 있는 놀랍고도 강력한 방법인 중합효소 연쇄 반응(Polymerase Chain Reaction, PCR)에 대해서 알아봅시다. PCR(중합효소 연쇄 반응)은 DNA를 복제하여 원하는 만큼의 DNA 사본을 만들 수 있는 강력한 실험 기법입니다. 이 기술은 유전체학, RNA 염기서열 분석 등 다양한 분야에서 필수적으로 사용되며 특히 단일 세포나 분자가 아닌 충분한 양의 DNA가 필요한 실험에서 매우 중요한 역할을 합니다. RNA 염기서열 분석을 할 때는 RNA를 DNA로 바꾸고 그 사본을 많이 만들어야 합니다. 누군가 게놈을 시퀀싱할 때 우리는..

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• · 2024. 11. 4.

[Genomics Data Science] - Genomics를 Data Science로 다뤄봅시다

Why Genomics?본 포스팅은 Coursera에 있는 Johns Hopkins University의 게놈 데이터 과학 특화 과정 강의를 정리한 내용입니다. INTRODUCTION: 이 강의는 유전체학의 중요성과 그것이 우리에게 가르쳐 줄 수 있는 것들에 대해 설명합니다. 유전체학의 기본 개념유전체학은 우리 몸 안의 유전체를 연구하는 분야로, 모든 인간은 99.9% 동일한 유전체를 가지고 있지만, 그 안의 작은 변화로 인해 다양한 차이가 발생합니다.유전체는 우리의 발달과 생물학적 특성을 결정하며, 예를 들어, 신경세포와 피부세포는 동일한 유전체를 가지고 있지만 서로 다른 기능을 수행합니다.암과 유전적 변이암은 유전적 질병으로, 세포가 통제 없이 분열하는 현상으로 정의됩니다. 이는 유전체 내의 변이가 ..

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• · 2024. 10. 29.